Wiley-Schnellkurs Bioinformatik fur Anwender (häftad)
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Format
Häftad (Paperback / softback)
Språk
Tyska
Antal sidor
256
Utgivningsdatum
2016-04-14
Förlag
Wiley-VCH Verlag GmbH
ISBN
9783527530403
Wiley-Schnellkurs Bioinformatik fur Anwender (häftad)

Wiley-Schnellkurs Bioinformatik fur Anwender

Häftad Tyska, 2016-04-14
229
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In den Lebenswissenschaften ist die Arbeit mit Computerprogrammen inzwischen essentiell. Röbbe Wünschiers erklärt Ihnen, wie Sie mit Sequenz-, Struktur- und anderen Daten umgehen sollten. Er erläutert, wie Ihnen Linux helfen kann und welche Möglichkeiten sed, awk und Python haben. Außerdem führt er Sie knapp in weitere Bereiche ein, die Ihnen das Leben erleichtern können: MySQL, R, LaTeX und viele mehr. So finden Sie in diesem Buch einen Abriss dessen, was Sie am Rechner in Ihrem Studienbereich wissen sollten. Mit Übungsaufgaben samt Lösungen können Sie Ihr Wissen festigen und überprüfen.
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Innehållsförteckning

Vorwort von Michael Boelker 13 Vorwort von Diethard Tautz 15 Vorwort des Autors 17 1 Einleitung 19 1.1 Was Sie uber Bioinformatik wissen - sollten 19 1.2 Meine Leser 27 1.3 Notwendiges Vorwissen 28 1.4 Ziel des Buches 29 1.5 README 34 1.6 Was bedeutet was 35 I Vorbereiten 2 Lebenswissenschaften und Daten 37 2.1 Sequenzdaten 38 2.2 Strukturdaten 42 2.3 Andere Daten 42 3 Daten und Linux 43 3.1 Wer oder was ist Linux? 43 3.2 Installation einer virtuellen Maschine 44 3.3 Die Bash-Kommandozeile 50 3.4 Heimarbeit = Fernverbindung 57 3.5 Textdateien editieren 60 3.6 Textdateien anzeigen und analysieren 65 3.7 Regulare Ausdrucke 68 3.8 Datenstroeme mit Sed bearbeiten 70 3.9 Spielen mit Daten 72 3.10 Software/Pakete verwalten 72 3.11 UEbersicht der Bash-Befehle 74 4 Programmierung 77 4.1 Was wollen wir erreichen? 77 4.2 Schnellstart mit AWK 77 4.3 Wie geht es weiter? 92 II Arbeiten 5 Forensische Mikrobiologie - Was ist so schlimm an EHEC? 95 5.1 Hintergrund 95 5.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 96 5.3 Vorgehen 97 6 RNASeq und Biogas - Identifikation Biogas-produzierender Bakterien 103 6.1 Hintergrund 103 6.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 104 6.3 Vorgehen 108 7 Vom Gen zum Methan - Expressionsdaten auf Stoffwechselkarten projizieren 117 7.1 Hintergrund 117 7.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 118 7.3 Vorgehen 119 8 Bio(t)error - Gefahrliche Mutationen des H1N1-Schweinegrippevirus 127 8.1 Hintergrund 127 8.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 129 8.3 Vorgehen 136 9 Ebola - Detektion von Variation durch Resequenzierung 145 9.1 Hintergrund 145 9.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 147 9.3 Vorgehen 154 III Veroeffentlichen 10 Daten in die Datenbank 165 10.1 Warum nicht Excel? 165 10.2 MySQL und MariaDB 166 11 Daten beschreiben & darstellen mit R 187 11.1 Installation von R und RStudio 187 11.2 Erste Rechenubungen 189 11.3 Mit Graphiken interagieren 194 11.4 Graphiken in eine Datei schreiben 195 11.5 Daten aus und in Dateien laden 196 11.6 Daten aus MySQL importieren 199 11.7 UEbersicht uber die Daten gewinnen 201 11.8 Zeitreihen in Heatmaps 205 11.9 Statistik 209 11.10 R in der Bash 213 11.11 Regression 213 11.12 Pakete installieren 217 11.13 Zusammenfassung der R-Befehle 218 12 Es allen zeigen 221 12.1 Texte mit LATEX erstellen 221 12.2 Webseiten mit dynamischen Daten erstellen 225 IV Antworten und Literatur 13 Antworten 243 Literaturverzeichnis 247 Index 251 Whitespace 255