Flyktingsmugglaren låter dig följa med segelfartyget Afrodite på Medelhavet. Skepparen Karl och hans besättning svetsas samman av besvärliga charterturister, hårt väder, märkliga flyktingöden och våldsam död. Kontakterna med flyktingar driver fram ett mörkt, sedan länge förträngt minne hos skepparen från hans egen flykt från Chile i barndomen. Karl får även uppleva het, passionerad kärlek…