Friedrich Meggendorfers erbhygienische Verwicklung beruhte auf einer Trias von eigenem wissenschaftlichen Interesse, positiver Verstärkung durch Karriereoptionen sowie früher akademischer Prägung. Sein Einsatz wissenschaftlicher Erkenntnisse zur Stützung und Auslegung der NS-Gesetzgebung spiegelt eine dunkle Facette in der Vita Meggendorfers wider. Unter den Zwängen der NS-Politik setzte er seine Eugenik-Expertise nicht zum Stoppen der "Euthanasie" ein. In seinem breiten, auch fachübergreifenden medizinischen Interesse machte er sich um die Etablierung der Elektrokonvulsionstherapie in Deutschland verdient. Diese gilt auch heutzutage als die wirksamste antidepressive Behandlungsoption. Bei Meggendorfer zeigt sich eine Ambivalenz zwischen gesetzlichen Vorgaben, damaligen professionsethischen Standards und dem Streben nach persönlich christlich-moralischem Verhalten gegenüber dem einzelnen Patienten. Birgit Braun betrachtet aus kritisch-historischer Perspektive die damit verbundenen wissenschaftsethischen Herausforderungen.
