Publicado en Paris en 1926, El Misterio de las Catedrales esta dedicado a descifrar el lenguaje secreto de la alquimia, oculto en las esculturas, relieves y ornamentos de las catedrales goticas de Francia, en especial la de Notre-Dame de Paris. En esta obra, Fulcanelli sostiene que los constructores medievales, los maestros canteros y arquitectos, dejaron grabado en piedra un conocimiento hermetico universal. Segun el, las catedrales son libros de piedra que expresan, a traves de simbolos, la filosofia alquimica y las etapas de la Gran Obra: la transmutacion espiritual y material.Algunos de los puntos clave de la obra son: El simbolismo alquimico en la arquitectura gotica; El lenguaje de los Iniciados; La union de ciencia y espiritualidad; Critica a la modernidad. El libro causo gran impacto en los circulos ocultistas y esotericos del siglo XX, influyendo en pensadores y escritores interesados en la alquimia y el simbolismo.
