El argumento central del "Nuevo Ateísmo" de Richard Dawkins, Daniel Dennett, Sam Harris y Christopher Hitchens es que durante varios siglos ha habido una guerra entre la ciencia y la religión, que la religión ha estado perdiendo constantemente esa guerra, y que en este momento de la historia de la humanidad se ha elaborado un relato científico completamente secular del mundo con un detalle tan exhaustivo y convincente que ya no hay ninguna razón por la que una persona racional y educada deba considerar las afirmaciones de cualquier religión como algo digno de atención.Pero, como sostiene Edward Feser en La última superstición, en realidad no hay, ni ha habido nunca, ninguna guerra entre ciencia y religión. Por el contrario, ha habido un conflicto entre dos concepciones totalmente filosóficas del orden natural. El ateísmo y el secularismo modernos han dependido siempre de la insinuación de que la imagen moderna y mecánica del mundo ha sido establecida por la ciencia. Sin embargo, esta imagen «mecánica» moderna nunca ha sido establecida por la ciencia, y no puede serlo, ya que no es una teoría científica en primer lugar, sino simplemente una interpretación filosófica de la ciencia. Las verdaderas razones de su popularidad eran entonces, y son ahora, principalmente políticas: era una herramienta mediante la cual se podían socavar los fundamentos intelectuales de la autoridad eclesiástica y abrir el camino hacia un nuevo orden social secular y liberal orientado hacia el comercio y la tecnología.
