Kun kuusivuotias Marissa menettää äitinsä, hän muuttaa meribiologi-isänsä kanssa asumaan pienelle saarelle Andamaanienmerelle Thaimaan rannikolle. Yhdessä parhaan ystävänsä Ariellen kanssa he tutkivat saaren rantojen ja koralliriuttojen hauraita ihmeitä. Tytöt oppivat tuntemaan kirkkaissa vesissä liitävät majesteettiset paholaisrauskut nimeltä ja sukeltamaan niiden kanssa yhä syvemmälle pinnan alle. Tapaninpäivänä 2004 Intian valtameren tsunami iskee maihin, ja ensimmäinen aalto tempaa tytöt mukaansa.
Kahdeksan vuotta myöhemmin Marissa asuu New Yorkissa. Kaupungin valmistautuessa hurrikaani Sandyn tuloon Marissa joutuu kohtaamaan uudelleen nuoruutensa trauman.

Upoksissa on tarina ystävyydestä ja surusta, mutta myös ekologisesta tuhosta ja luonnonkatastrofeista. Se on kunnianosoitus kuoleville valtamerille sekä rakkauskirje katoaville koralliriutoille.